病理信息系統能在一個界面上獲取上述所有的信息，能夠與臨床醫生和患者實時地交流，使病理醫生在獲得足夠信息的前提下，為患者提供有用的病理診斷信息。通過全院信息平臺，能夠讓各相關系統（病理檢查與醫護工作站的醫囑、病歷文書）之間更好的協同工作，降低醫護人員工作量，將精力更多的投入到觀察患者，提高診療水平上，為患者提供更快、更好的醫療服務。
登記工作站主要是標本登記，病人基本信息的獲取，我們有多種方式實現病人信息的登記錄入，包括從HIS讀取信息，電子申請單和手工錄入方式。系統實現臨床醫生在醫生工作站上開病理檢查電子申請單，病理系統能接受電子申請單。在實現電子申請單之前，病理系統也可以從HIS系統中提取病人的基本信息，解決病理科常見的因手寫申請單識別不清導致的病人信息不準確的問題，減少病理科工作量及工作強度。
*用戶可以自定義病例庫，也可以指定默認的病例庫，可以按病例庫進行分庫登記，如組織學（常規）、細胞學、液基細胞、外院送檢、腎穿刺、分子病理、器官移植等。
*用戶可自定義病例庫的使用或停用，可限定存訪問。
*自動產生病理號及病理號條碼，可自定義病理號編碼規則。
*申請單錄入，錄入過程采用提示選取、拼音代碼等快速輸入方式。
*輸入方便，可預設各字段常用詞并使用助記詞進行輸。
*連接HIS，接收臨床發送的電子申請。
*通過條碼掃描或直接錄入病人相關編號從HIS中提取信息。
*病理號按當前病例庫的編號規則自動升位，也可手工調整。
*登記時出現病理號重號系統會自動提示。
*標本簽收，記錄不合格標本及不合格。
*系統自動檢索當前病人的歷次檢查。
*原始申請單底單電子存檔及打印等。
大體取材工作站,是病理信息系統中的主要部分之一。用戶可拍攝大體標本照片，進行取材標注和測量，在病理網絡工作站上查看大體標本照片和取材明細，可輕松打印出同時具有大體標本圖像和鏡下圖像的圖文報告。
*一體化拍照平臺，可自動聚焦，自動白平衡，自動暴光， LED光源輔助照射，任意角度旋轉。
*通過色標自動提示已登記未取材的病例記錄或是有補取醫囑的病例記錄。
*可通過條碼槍掃描標本容器（袋）上的病理號條碼自動提取相應記錄。
*取材明細表記錄任務來源、取材序號、取材部位、材塊數、取材時間、取材醫生和記錄人員等信息。
*系統自動計算出蠟塊數和材塊數。
*提供“標本處理”記錄，包括“常規保留”、“永久保留”、“教學標本”、“科研標本”、“全埋”、“脫鈣”、“已用完”、“銷毀”等內容，也可輸入剩余標本的存放位置。
*向診斷工作站提供病例的取材明細、狀態及取材醫生的信息。
*采集大體標本圖像，進行大體組織描述。
*記錄取材醫生的口述錄入，便于取材醫生校對錄入員的大體檢查信息。
*大體圖像的標注、測量。
*系統提供預定義的詞庫及詞組，方便快捷錄入。
*提供工作移交或醫囑需要的在線式留言功能。
取材后的標本組織由取材醫生移交給技術室，首先由技術員進行材塊核對，準確無誤后，再進入脫水、包埋流程，包埋后由技術員進行包埋核對及確認。
*系統自動打開所有已取材但尚未包埋的病例取材明細記錄（即蠟塊數、組織名稱和材塊數），以便技術員在包埋時進行核對。
*提供取材列表信息的核對及打印。
*包埋完成核對后進行確認。
*實現蠟塊號條碼的打印。
*列表所有核對確認后的蠟塊信息，并可選擇同步或異步打印蠟塊編號。
*相關記錄可用于工作量統計。
*提供按取材時間或取材人員姓名進行檢索查詢。
在切片工作站中，提供了對切片流程的質控和管理，系統自動生成切片號及切片條碼號，在切片確認的同時可以同步打印玻片標簽。可顯示從包埋工作站發送過來的待切片列表信息，和已切片列表信息，方便技術室進行核對確認，配備的掃描設備可實現快速掃描核對，提供切片列表工作單的打印功能。
*系統提示所有已包埋但尚未制成切片的病例列表，或是有重切、深切要求的病例列表，或是下了免疫組化醫囑須切白片的病例列表。
*醫生在報告工作站開出了重切、深切醫囑，切片工作站可以自動給技術員以提示，以及時處理。
*按照蠟塊包埋情況或重切、深切、免疫組化醫囑要求自動生成切片條碼標簽列表，用戶可以進行手工調整。
*對每個病例都產生出切片明細列表，診斷醫生可進行切片質量評價。
*切片標簽支持自動和手工生成多種情況。
*批量打印切片條碼標簽。 可打印切片工作單。
*病例狀態自動變為“已制片”。
*相關記錄可用于技術員工作量統計，切片質量統計。
*提供工作移交或醫囑需要的在線式留言功能。
*支持按包埋時間，包埋人員或切片人員分組查詢、排列任務。
在特檢工作站中，提供了對醫囑的全面管理，自動接收從診斷室發送過來的技術醫囑和特檢醫囑等申請信息，技術醫囑包含有：重切，深切，補取，薄切，連切，切全，教學片，白片，其他等；特檢醫囑包含有：免疫組化，特殊染色，分子病理，電鏡檢查等，對醫囑的工作進展系統提供了不同的狀態信息。
*自動接收診斷室下達的重切、深切、免疫組化、特殊染色、分子病理、電鏡檢查等的醫囑記錄。
*系統提示已發出特檢醫囑（免疫組化、特殊染色、分子病理等）要求但尚未執行的病例信息列表。
*可從特檢醫囑信息中提取病例信息、標記物名稱等內容，自動生成免疫組化切片條碼標簽，并打印出來。
*可按照標記物或病理號分類打印染色工作表。
*免疫組化染色完成并確認后，信息自動返回報告工作站并提示醫生查看。
*系統按照切片要求自動生成切片條碼標簽，用戶可進行手工編輯。
*批量打印切片條碼標簽。
*切片完成后通過條碼掃描進行切片確認。
*提供工作移交或醫囑需要的在線式留言功能。
*可按醫囑申請時間，醫囑類型進行關聯查詢。
診斷工作站包括有病理和細胞學診斷報告工作站，是病理信息管理系統中的主要組成部分，該功能模塊包括有病人登記、采集圖像、選取圖像、刪除圖像、病理診斷、冰凍報告、切片評價、技術醫囑、特檢醫囑、復片意見、其他檢查、科內會診、病人隨訪、報告打印，查詢統計等一系列功能。
*書寫診斷報告、打印或向臨床發送確診報告。
*提供三級醫生診斷模式，上級醫生可對病理診斷進行復查、書寫修改意見并單獨保存供原報告醫生查看。
*向取材和制片站點分別發送補取、重切、深切、特檢等醫囑申請,可查看內部醫囑的執行情況。
*可對免疫組化切片進行評級。
*自動提示打開病例的狀態信息以及歷次檢查的情況。
*可對疑難或特殊病例進行追蹤管理，系統在“隨訪病例”列表自動進行提示。采集顯微圖像、輸入光鏡所見。
*提供批量打印、批量審核、批量發送等批處理功能。
*根據不同的登錄用戶角色提供了不同的任務列表。
*可發出科內會診申請，系統在“會診病例”列表自動進行提示，其他醫生進入系統后可快速打開這些會診病例并書寫自己的會診意見。
*可對感興趣的病例進行收藏管理，在“我的收藏記錄”中可檢索這些記錄。
*系統對審核后的記錄自動進行鎖定，需修改時，必需有主任醫生取消審核后才能進行修改。
*對記錄的修改與刪除操作，系統通過日志表功能自動記憶修改前的內容，確保數據安全。
*提供疾病報告的標準常用詞、模板與范本詞庫。
*系統根據登錄用戶身份可檢索“我的報告”、“我的未審核報告”、“我的未打印報告”、“我的收藏記錄” 等信息。提供工作量的查詢統計功能。
*提供工作移交或醫囑需要的在線式留言功能。
*用戶可自定義用不同的色標來標識病例相關的進展狀態。
*提供病歷導入、導出、轉存與發送功能。
細胞學診斷報告工作站，集成了脫落細胞學，TCT檢查專用報告，HPV檢測報告等，是病理信息管理系統中的主要組成部分，該功能模塊包括有病人登記、采集圖像、選取圖像、刪除圖像、細胞學診斷、技術醫囑、特檢醫囑、復片意見、其他檢查、科內會診、病人隨訪、報告打印，查詢統計等一系列功能。
*細胞學、液基細胞學（TCT）病例獨立分庫管理，病理號按照預設格式自動升位。
*根據登錄用戶身份，自動提示“我的未審核報告”、“我的未打印報告”、“我的未寫報告”、“我的收藏夾”、“科內會診”、“需隨訪病例”等列表。
*自動提示該病例的歷史病理結果和同次送檢的其他標本檢查情況。
*使用光學攝像頭或帶標準TWAIN32接口的數碼攝像頭，可實時瀏覽、采集和保存鏡下圖像，可對圖像進行多種處理、測量、標注功能。
*采用包括TBS2004在內的多種分級報告系統，用戶點選選項即可快速輸出液基細胞學報告。
*可根據多個條件來組合查詢或統計病例，可以進行模糊查詢，也可以進行精確查詢。查詢或統計出的結果可以導出EXCEL表格文件。
專項報告工作站，除常規組織學和細胞學檢查的報告外，軟件提供專項的檢查報告模塊，如胃檢，腎病，分子生物學，FISH，PCR及流式報告。具有完善的用戶權限管理功能，能在充分考慮報告信息安全性的基礎上對診斷報告環節進行科學規劃。
*系統根據登陸用戶身份，自動提示“我的未審核報告”、“我的未打印報告”、“我的未寫報告”、“我的收藏夾”、“科內會診”、“需隨訪病例”等列表；選擇病例并打開后，系統自動提示該病例的內部醫囑狀態、報告狀態、打印狀態、收藏狀態，以及同名病人的其他檢查；采集圖像、輸入光鏡所見、診斷意見、生成報告、打印或向臨床發送報告單；上級醫生可以對病理診斷提出修改意見，并單獨保存下來，供原報告醫生查看；在用戶權限范圍內可對報告進行審核和取消審核管理，審核后的病例無法被修改和刪除。
*輸入診斷報告（文字）；查閱以往病人結果（包括圖片）、會診讀片；可發出內部醫囑要求，包括重切、深切、補取、免疫組化等，可查看內部醫囑相應的執行情況（醫囑狀態）和結果；可對免疫組化結果進行染色評價；可發出科內會診申請，系統會自動加入“科內會診列表并進行提示，其他醫生登錄系統后可以快速定位這些會診病例。
*可查看內部醫囑相應的執行情況（醫囑狀態）和結果；可對免疫組化結果進行染色評價；可發出科內會診申請，系統會自動加入“科內會診列表并進行提示，其他醫生登錄系統后可以快速定位這些會診病例。具有查詢檢索、統計報表、WHO國際腫瘤疾病編碼統計、腫瘤疾病規范化組織病理學報告的標準模塊。
*在診斷窗口中打開某一個病例，系統自動提示該病人歷次來做過的檢查信息，并提供文字及圖像同屏對比。
*包括婦科與非婦科細胞病理診斷模塊、WHO國際細胞病理學診斷軟件。具有免疫組化醫囑和科內會診意見的傳輸和管理功能。
*提供多種符合要求的分子病理報告格式并可根據用戶要求設計修改。智能化向導式軟件操作界面, 支持絕大多數數碼圖像輸入設備（掃描儀，攝像頭，數碼CCD，數碼攝像設備）, 支持多種圖象文件格式。
*提供規范、方便實用的報告常用詞管理，能夠在寫報告時隨時增減常用詞，并能區分公有和個人兩種類型。
病理檔案是科室重要的診療、科研和教學的資源，其管理體現科室的整體水平，特別是對于歷史悠久的大醫院更為重要，也相對較為復雜。病理信息管理系統目前已實現了切片的電子核對歸檔，切片制作完成經核對確認后，資料室管理人員就能了解該切片的負責醫師并能督促其按時歸檔。切片的借閱也可在網上申請，由資料室管理員送至醫師手中。系統支持可將電子登記簿中記錄的全部信息導出為Excel表格形式，并設置了歷史資料錄入程序，方便進一步的科研查詢需求。
*按照病理號區段，將資料（申請單或底單）、蠟塊、切片分別歸檔處理，錄入具體的歸檔位置。
*病例狀態自動變為“已歸檔”。
*借還片記錄登記，詳細記錄借出人員或單位，借片日期，張數，押金情況等。
*資料室借還片管理，及時了解和處理“借出”、“歸還”、“作廢”的切片情況。
*切片歸還時記錄外院會診意見。
*提供借片憑證模板，打印借片憑證。